HZTM je neprofitna zdravstvena ustanova u državnom vlasništvu. HZTM je osnovan 1945.godine sa ciljem obavljanja zdravstvene djelatnosti za potrebe transfuzijskog liječenja bolesnika.

Djelatnost HZTM obavalja se u tri cjeline: 

1) Ravnateljstvo /RAV/ - poslovi na razini HZTM: rukovođenje ustanovom, upravljanje kvalitetom, ekonomika i računovodstvo, pravni i kadrovski poslovi, mikrobiološka ispitivanja i tehničko održavanje.

2) Služba za transfuzijsku medicinu /MED/: djelatnost u MED se odvija se u dva radna procesa: 1. promidžba i prikupljanje krvi dobrovoljnih davatelja krvi, laboratorijsko testiranje, priprava, čuvanje i distribucija krvnih pripravaka i 2. prijetransfuzijsko ispitivanja bolesnika i laboratorijsko testiranje bolesnika, trudnica i drugih građana.

3) Služba za farmaceutsku djelatnost /FAR/: djelatnost u FAR odvija se u dva radna procesa: 1. proizvodnja infuzijskih otopina i potpune parenteralne prehrane i 2. proizvodnja proizvoda iz medicinske plastike.

Organizacijska struktura Hrvatskog zavoda za transfuzijsku medicinu.
Proizvodi i usluge:

1) Služba za transfuzijsku medicinu (MED): največa je transfuzijska ustanova u Hrvatskoj. Uzima i obrađuje krv od 44 % svih dobrovoljnih davatelja krvi u Hrvatskoj. Krv se prikuplja na akcijama darivanja krvi na području grada Zagreba, Zagrebačke županije i u nekim drugim područjima Hrvatske. MED proizvodi oko 20 vrsta različitih krvnih pripravaka i obavlja niz laboratorijskih ispitivanja krvi davatelja, bolesnika, trudnica i drugih građana. S krvi i krvnim pripravcima i laboratorijskim uslugama zadovoljava sve potrebe zdravstva grada Zagreba i, prema zahtjevu, potrebe zdravstvenih ustanova na drugim područjima u Hrvatskoj. MED ima organiziran rad u vanjskim transfuzijskim jedinicama: Klinika za traumatologiju (kompletna prva smjena i 24 satno dežurstvo), u KB Merkur (kompletna prva smjena) i Klinika za dječje bolesti (specijalist transfuziolog uz tehničara Klinike u prvoj smjeni). U vanjskim jedinicama obavljaju se poslovi prijetransfuzijskog ispitivanja bolesnika za potrebe tih ustanova.

2) Služba za farmaceutsku djelatnost (FAR): proizvodi infuzijske i druge otopine kojima pokriva oko 45% potreba zdravstva Hrvatske, proizvode iz medicinske plastike za jednokratnu uporabu kojima pokriva oko 20% potreba zdravstva Hrvatske te obavlja usluge plinske sterilizacije.